勤怠データが既にありますが、登録した部署を変更したいです

個人マスタを一度削除してから正しい内容で再度登録してください。

勤怠データは社員コードに紐づいていますので、個人マスタを削除しても勤怠データは消えません。
削除前後で社員コードが同じであれば、再登録後に勤怠データを参照可能です。