時差通勤の検討をしていますが、時差出勤＆退勤した場合に遅刻・早退にならないように設定できますか？

新たに勤務区分を登録することで対応できます。

勤務区分を作成する際に始業時刻～終業時刻を「00：00～47：59」、コアタイム時刻を「未入力」で登録しますと打刻時間をもとに計算を行い遅刻・早退はカウントしないようになります。