代休管理は、代休の発生数、消化数、消滅数、残数を管理することができ、管理者は一覧、詳細画面で数値を管理することが出来ます。これらは基本的には振休管理の機能と同じですが、代休管理では下記の2つの大きな機能があります。
1. 代休の自動発生
2. 代休発生時の端数時間計算
1つ目の代休自動発生機能は勤務区分と勤務時間の組み合わせにより、条件に達した場合、その日に代休が1日分、または半日分自動的に発生し、事由に代休発生が登録されます。
自動の代休発生は、通常画面で設定する代休の事由とは別項目として事由に表示させることができるため、管理者、従業員ともに、その代休が自動で発生したものか否かは明確に確認することができます。
2つ目は代休発生時の端数時間計算機能です。この機能は代休が発生したときに、その時間（1日分、または半日分）を差し引いた勤務時間を端数時間として最大2つ算出することができます。最大2つ可能な理由は、休日労働の割増率は法定休日（日曜日）を35%、法定休日以外の休日（土曜日、祝日など）を25%と定めているため端数計算結果が2つ必要になるからです。この計算をすることで、代休が発生したときの割増賃金を計算することが可能となります。
振休との違いは、発生、消化、消滅、残数の計算は基本的に同じですが、振休は振休を発生したときや消化した時に、振り替える日を設定しチェックすることができます（ペアチェック機能）が、代休の場合はこの代休自動発生機能と端数計算機能が大きな違いとなります。代休管理にはペアチェック機能はありません。