使わなくなった部署を非表示にすることはできますか？

使わなくなった部署について、当時のデータなどを見ることがないのであれば非表示にすることは可能です。その場合、部署階層から外すことで表示されなくなります。

たまに見ることがある場合は、使わなくなった部署を部署階層の一番下にまとめて移動させておくという運用をお勧めいたします。